Κατ' αρχάς ευχαριστούμε για την ενημέρωση.
Έχε υπόψη σου ότι μπορείς να θέσεις ερώτημα και στο ΤΕΕ/Τμήμα Πελοποννήσου και να σου απαντήσουν εγγράφως μέσα από τις ερωτήσεις-απαντήσεις που αναρτούν κάθε τόσο.
Ακόμα και αν δεν ανήκεις στο περιφερειακό αυτό τμήμα. Στη χειρότερη των περιπτώσεων όλο και κάποιον συνάδελφο από εκεί θα βρεις για να θέσει για λογαριασμό σου το ερώτημα.

Επί της ουσίας.
Εκτός από τη βεβαίωση απώλειας φακέλου υποβλήθηκε αίτημα ανασύστασης, έστω και μερικής, αυτού;
Ενδεχομένως τελικά να βρουν τον χαμένο φάκελο είτε στο αρχείο τους είτε σε κάπου αλλού!

Από εκεί και πέρα, η Εγκύκλιος 3/13 είναι σαφής:
"ο έλεγχος των αυθαιρεσιών γίνεται σύμφωνα με τα εγκεκριμένα σχέδια της οικοδομικής άδειας."

Το ίδιο διευκρινίζει και η Εγκύκλιος 4/13:
"Διευκρινίζεται ότι η αποτύπωση της υφιστάμενης κατάστασης στο σχέδιο κάτοψης το οποίο προσαρτήθηκε στην πράξη σύστασης διηρημένων ιδιοκτησιών, στις περιπτώσεις αυτοτελών οριζοντίων ή καθέτων ιδιοκτησιών δεν πιστοποιεί τη νομιμότητα της ιδιοκτησίας κατά τις πολεοδομικές διατάξεις"

Προσωπικά λοιπόν θεωρώ ότι κακώς σου έδωσαν την απάντηση που σου έδωσαν από το ΤΕΕ.
Ο μηχανικός δεν έχει να ερμηνεύσει τον νόμο. Τον ερμηνεύουν οι δυο εγκύκλιοι οι οποίες είναι σαφείς.

Άρα, ο μηχανικός οφείλει είτε να ζητήσει από την Υ.ΔΟΜ. την ανασύσταση του φακέλου είτε να προβεί στη διαδικασία που προβλέπεται από την §6.γ του άρθρου 11 του Ν.4178/13.